https://ohana.honolulumarathon.jp/chats/arbt9thup0yuthnc

こちらようやく解決（？）しました。結論としては前日の陰性証明書であれば問題ない（24時間以内でなくてもok）とのことです。
なんたら省やなんたら省に電話しまくり、たらい回しにされ、音声ガイダンスでは目的の解答に辿り着けず、、結局もう一回JALに問い合わせたところ、とても親切な対応をして下さる方に当たりまして解決しました。

とはいえチェックインするまで若干の不安は継続しつつ、5時間後のカウンターオープンを待ちます。
コメント頂いた皆さん、ありがとうございます。